MTrackJ MTrackJ облегчает ручное отслеживание и извлечение базовой статистики из движущихся объектов в ImageJ. Он предлагает три различных режима отслеживания: Режим «Одиночный трек», в котором пользователь может тем или иным образом управлять программным обеспечением для изменения положения и/или интенсивности одного выбранного объекта для каждого кадра в последовательности. Режим «Подключенный трек», в котором MTrackJ использует автоматическую трассировку для извлечения координат движущихся объектов для всех кадров в последовательности изображений. Режим «Гиперстек», в котором пользователь может вручную определить координаты в каждом кадре и выбрать тип операции, которая будет выполняться в стеке, включая «Ручное вычитание фона» и «Ручное вычитание фона» (оба ограничены файлами Image5D с фоном). маска). MTrackJ предназначен для работы как с последовательностями 2D-, так и с 3D-изображениями (отображаемыми как HyperStacks), поэтому его можно использовать как для спектрального, так и для обычного изображения, а также может помочь проверить, имеет ли ваша система правильный (3D) фокус. Чтобы установить плагин, вам нужно загрузить оба файла и поместить их в каталог плагинов ImageJ. MTrackJ Скачать: Установка MTrackJ: 1. Установите MTrackJ (из каталога Plugins файла ImageJ. 2. Откройте подключаемый модуль MTrackJ, дважды щелкнув его средство запуска в каталоге подключаемых модулей ImageJ. 3. После нажатия «ОК» в меню MTrackJ начнет отслеживать первый выбранный объект или последовательность изображений на первом изображении выбранного типа. Чтобы продолжить, используйте кнопку «Отслеживать выбранные объекты» в главном диалоговом окне плагина (верхний левый угол) или дважды щелкните, чтобы переключиться в режим «Подключенный трек». Видеоруководство по MTrackJ: Нажмите «запись» в главном диалоговом окне плагина, и рядом с полем «время начала:» появится ползунок. Переместите ползунок в начало первого кадра. В поле «Выполнить» выберите тип последовательности изображений, который вы хотите отслеживать. Чтобы загрузить ранее созданную сцену, выберите пункт меню «Восстановить предыдущие сцены» и нажмите клавишу ввода. В меню «Настройки» выберите последовательность изображений для отслеживания. В главном диалоговом окне MTrackJ слева отображаются три типа элементов управления: «Время», «Кадры» и «Дополнительно». На MTrackJ — это подключаемый модуль, который позволяет отслеживать движущиеся объекты, отмечая несколько позиций в стеке изображений (многопороговый режим, опционально), а затем вычисляя одну определяемую пользователем метрику для каждой из этих позиций. В конце MTrackJ вычисляет среднее значение метрики, чтобы получить одно значение определенной метрики для всего стека изображений. Как использовать MTrackJ? Настройка трека состоит из 2-х шагов: 1) - Введите интересующую последовательность изображений в MTrackJ. MTrackJ поставляется с предустановленными настройками для последовательностей изображений, которые называются «сценариями». C:\Program Files\ImageJ-1.x\MtrackJ\startup.m... MovieFile или MovieSequence можно открыть с помощью MTrackJ, выбрав «Открыть файл фильма» в меню «Сценарии» в MTrackJ. Если вы не уверены, какой тип файла фильма вам нужен (например, AVI, ASF, H.264,...), вы можете использовать диалоговое окно «Открыть файл как» в мастере MTrackJ, выбрав опцию «Открыть файл фильма» в Меню «Выберите файл» в MTrackJ, а затем нажмите кнопку OK для завершения. MTrackJ открывает последовательности изображений, содержащиеся в файле (файлах) фильма, и отслеживает положение движущихся объектов. Советы по использованию MTrackJ: Чтобы запустить MTrackJ, выберите «Открыть файл фильма» в меню «Сценарии» в MTrackJ («Файл» > «Открыть»), а затем нажмите кнопку «ОК». Затем откройте последовательности изображений, щелкнув вкладку «Открыть» на подпанели «Фильмы» в нижней части мастера (или дважды щелкнув имя нужного файла на вкладке «Фильмы»). После открытия последовательностей изображений вы должны выбрать определенный алгоритм для обработки каждого изображения. Существует 3 предопределенных метода: «Среднее значение интенсивности флуоресценции», «Стандартное отклонение интенсивности флуоресценции» и «Различия меток объектов» (по умолчанию). Пользователь также может выбрать альтернативный алгоритм, просто щелкнув ссылку настроек в верхнем левом углу меню «Скрипты». У пользователя есть возможность попросить MTrackJ выполнить компенсацию движения (известную как «Регистрация»), а также возможность преобразовать значения интенсивности обработанных изображений в целые числа без знака. Каждый ImageStack создает 3 выходных файла: 1) MTrackJAver fb6ded4ff2
Related links: